目的 通過分析基因?qū)用娴牟町惐磉_(dá)，以探討與腸梗阻相關(guān)的發(fā)病基因和治療靶基因。方法 在基因表達(dá)公共數(shù)據(jù)庫（gene expression omnibus，GEO） 中收集到10個(gè)樣品的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，其中小鼠粘連小腸組織術(shù)后1、3、7、和14d時(shí)間點(diǎn)的基因芯片數(shù)據(jù)共8個(gè)，小鼠正常小腸組織芯片數(shù)據(jù)2個(gè)，應(yīng)用基因本體論（gene ontology，GO） 富集分析和微陣列顯著性分析（significance analysis of microarray，SAM）方法，分析10個(gè)樣品的基因表達(dá)情況，并對(duì)差異表達(dá)的基因進(jìn)行功能注釋和生物學(xué)分析。結(jié)果 腸粘連的發(fā)生伴隨著大量應(yīng)答刺激的基因表達(dá)上調(diào)，且這些基因產(chǎn)物都分布在細(xì)胞膜上。分析術(shù)后不同時(shí)間點(diǎn)的基因表達(dá)情況發(fā)現(xiàn)，Hmgcs 2基因的表達(dá)上調(diào)出現(xiàn)在術(shù)后3～14d，Stxbp5基因的表達(dá)上調(diào)出現(xiàn)在術(shù)后14d。結(jié)論 粘連的發(fā)生可能與應(yīng)答刺激的基因及其分布于細(xì)胞膜上的基因產(chǎn)物有關(guān)，Hmgcs 2和Stxbp 5基因可能與因粘連而導(dǎo)致的其他并發(fā)疾病的發(fā)生有關(guān)。這為發(fā)現(xiàn)腸梗阻潛在的治療靶點(diǎn)提供了依據(jù)。
目的 在全基因組范圍內(nèi)篩選肝細(xì)胞癌候選診斷指標(biāo)。方法 采用基因芯片技術(shù)比較40例肝細(xì)胞癌腫瘤標(biāo)本及其鄰近無瘤肝組織之間基因表達(dá)譜的差異，尋找與肝細(xì)胞癌發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的基因?；蛐酒擅绹鴩⑿l(wèi)生院癌癥研究所制定，每張芯片有9 984個(gè)點(diǎn)，含9 180個(gè)基因?；蛐酒瑢?shí)驗(yàn)采用雙色熒光直接標(biāo)記法，每例患者的肝細(xì)胞癌組織總RNA 200 μg用綠色熒光素Cy5-dUTP標(biāo)記，其相應(yīng)的無瘤肝組織總RNA 100 μg用紅色熒光素Cy3-dUTP標(biāo)記?；旌虾笈c芯片上的基因進(jìn)行雜交。對(duì)基因芯片資料進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析以尋找肝細(xì)胞癌組織與無瘤肝組織之間表達(dá)有差異的基因。結(jié)果 用非先導(dǎo)分層聚類分析法進(jìn)行篩選，發(fā)現(xiàn)有10個(gè)基因在80%以上的肝細(xì)胞癌組織中的表達(dá)水平明顯高于（2倍或2倍以上）其相應(yīng)的無瘤肝組織，包括ESTs、Homo sapiens cDNA FLJ、原鈣粘連素-α 9(protocadherinalpha 9)、KPNA2、RPS20、SNRPE、CDKN2A、UBD、MDK和ANXA2基因。這些基因與多種腫瘤相關(guān)，他們可能在肝細(xì)胞癌發(fā)生、發(fā)展過程中也發(fā)揮非常重要的作用。結(jié)論 進(jìn)一步研究這些基因的功能可能篩選出新的肝細(xì)胞癌診斷指標(biāo)。
目的 體外培養(yǎng)糖尿病與非糖尿病冠心病患者的骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞（mesenchymal stem cells, MSCs），采用Affymetrix基因芯片技術(shù)對(duì)糖尿病與非糖尿病冠心病患者的MSCs功能基因表達(dá)譜進(jìn)行比較。 方法 冠心病合并糖尿病組納入1例患者，男，53歲；診斷：冠心病、2型糖尿病。非糖尿病冠心病組納入1例患者，男，51歲；診斷：冠心病。將兩組患者的骨髓淋巴細(xì)胞分離液采用密度梯度離心法和貼壁法進(jìn)行分離、提純MSCs，再用Affymetrix全基因組芯片檢測(cè)MSCs特異性功能蛋白基因表達(dá)的差異?！〗Y(jié)果 冠心病合并糖尿病組功能蛋白表達(dá)基因中涉及細(xì)胞凋亡、細(xì)胞因子、細(xì)胞內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)的基因有27個(gè)，其中13個(gè)基因表達(dá)明顯上調(diào)，分別為TNFRSF10B、TNFRSF21、NGF、CAV2、ITGA8、TNS1、ITGA2、AKT3、MBP、MAP2、INHBA、FST、PLA2G5；有14個(gè)基因表達(dá)明顯下調(diào)，分別為EPR1、BIRC5、HELLS、BCL2、HGF、CASP1、SEPP1、ITGA9、MAP2K6、RUNX3、TGFBR2、RUNX2、CTNNB1、CDC42。 結(jié)論 糖尿病合并冠心病患者的MSCs在功能基因表達(dá)方面存在顯著變化。
目的 探討基因芯片技術(shù)在心血管外科臨床及科研中的應(yīng)用價(jià)值，應(yīng)用表達(dá)譜基因芯片篩選體外循環(huán)（CPB）前后外周血單個(gè)核細(xì)胞（PBMC）的差異表達(dá)基因，為CPB炎性反應(yīng)的研究提供線索。 方法 CPB開始、CPB結(jié)束即刻抽取患者動(dòng)脈血，分離PBMC，用BD AtlasTM cDNA Expression Arrays表達(dá)譜基因芯片對(duì)比細(xì)胞因子的差異表達(dá)，應(yīng)用逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（RT-PCR）對(duì)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。 結(jié)果 將基因芯片技術(shù)成功應(yīng)用于CPB研究，并得到CPB前后PBMC細(xì)胞因子基因表達(dá)譜，其中白細(xì)胞介素-6(IL-6)和Wnt5a差異表達(dá)較明顯，但半定量RT-PCR驗(yàn)證結(jié)果未發(fā)現(xiàn)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.888，0.135)。 結(jié)論 基因芯片技術(shù)在CPB后細(xì)胞因子變化的研究中有一定應(yīng)用價(jià)值；表達(dá)譜基因芯片初步篩選出了CPB后的差異表達(dá)基因，這些基因可能參與了CPB引起的炎性反應(yīng)及其他病理生理反應(yīng)；PBMC可能不是CPB中細(xì)胞因子的主要來源。
目的 甲潑尼龍（methylprednisolone，MP）是治療急性脊髓損傷（spinal cord injury，SCI）的惟一有效藥物，但其作用機(jī)制尚未明確。通過觀察MP 對(duì)SCI 早期基因表達(dá)譜的影響，從基因表達(dá)層面探討其機(jī)制。 方法 采用重復(fù)樣本和重復(fù)基因芯片檢測(cè)的方法進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。取9 只健康成年日本大耳白兔，體重（3 100 ± 140） g，隨機(jī)分為對(duì)照組（A 組）、模型組（B 組）和藥物組（C 組），每組3 只。A 組僅進(jìn)行椎板切除術(shù)，B、C 組行椎板切除后采用Allen 法建立急性SCI 模型。C 組在造模后2 h 按人- 兔等效劑量給予大劑量MP 沖擊治療，B 組注射等量生理鹽水，A 組不作處理。造模后8 h 處死實(shí)驗(yàn)動(dòng)物，分別獲取以損傷區(qū)為中心長約8 mm 的脊髓組織，采用Trizol 法提取總RNA，用9 張Agilent 兔脊髓組織全基因4 × 44 K 芯片進(jìn)行檢測(cè)。采用GeneSpring11.0 統(tǒng)計(jì)軟件，以P lt; 0.05 且倍數(shù)變化（fold change，F(xiàn)C）≥ 2 篩選出差異表達(dá)基因，并對(duì)部分差異表達(dá)基因行RT-PCR 驗(yàn)證。 結(jié)果 成功建立SCI 動(dòng)物模型并獲得相應(yīng)的組織標(biāo)本。各組總RNA質(zhì)量均能滿足基因芯片檢測(cè)要求?；蛐酒Y(jié)果顯示：在SCI 早期大劑量MP 治療后許多基因發(fā)生表達(dá)變化，主要涉及炎癥、先天性免疫、離子通道、物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)和轉(zhuǎn)錄因子等，IL-1α、IL-1β 和防御素（defensin 4，NP-4）的RT-PCR 檢測(cè)結(jié)果與基因芯片結(jié)果相符。其中，先天性免疫相關(guān)基因如NP-3、NP-4、皮質(zhì)素6、內(nèi)源性抗菌肽CAP-18、抗菌肽等呈現(xiàn)顯著的差異性表達(dá)。 結(jié)論 大劑量MP 可能主要通過免疫調(diào)節(jié)機(jī)制發(fā)揮神經(jīng)功能保護(hù)作用，其主效應(yīng)細(xì)胞可能是中性粒細(xì)胞
將大量基因片段或寡核苷酸有序、高密度排列在玻璃、硅等載體上，稱之為基因芯片。基因芯片技術(shù)以其檢測(cè)快速、高效、高通量、高度并行性、微型化和自動(dòng)化等特點(diǎn)，成為了研究生命本質(zhì)及疾病發(fā)生發(fā)展規(guī)律的重要手段?，F(xiàn)對(duì)其基本概念、特點(diǎn)、基本原理及其在眼底病研究中的應(yīng)用前景作一綜述。 （中華眼底病雜志，2004，20：265-266）
基因芯片技術(shù)是研究基因表達(dá)和功能的一項(xiàng)革命性的新技術(shù)，具有敏感和高通量的特點(diǎn)。目前已廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域，包括正常發(fā)育過程的基因調(diào)控及人類疾病的分子機(jī)制等研究。然而基因芯片技術(shù)本身仍處于完善過程中?，F(xiàn)將基因芯片技術(shù)學(xué)作簡要介紹，以幫助讀者全面了解該技術(shù)的現(xiàn)狀和存在的問題，以便正確運(yùn)用該技術(shù)，準(zhǔn)確評(píng)估應(yīng)用該技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)和結(jié)果。 （中華眼底病雜志，2003，19：201-268）
目的 研究結(jié)直腸癌肝臟轉(zhuǎn)移微小RNA （microRNA，miRNA）表達(dá)的差異以及相關(guān)特性。方法 收集2009年4月至2010年11月期間首都醫(yī)科大學(xué)附屬復(fù)興醫(yī)院的10例伴或不伴肝臟轉(zhuǎn)移的結(jié)直腸癌患者的腫瘤組織標(biāo)本，應(yīng)用miRNA芯片方法對(duì)2組樣本的miRNA表達(dá)差異情況進(jìn)行研究，并通過實(shí)時(shí)定量PCR對(duì)miRNA的芯片表達(dá)差異進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果 芯片結(jié)果篩選出6種結(jié)直腸癌肝臟轉(zhuǎn)移組較非轉(zhuǎn)移組表達(dá)失調(diào)的miRNA （上調(diào)的miR-224、miR-1236和miR-622，下調(diào)的miR-155、miR-342-5p和miR-363），選取顯著上調(diào)（即差異信號(hào)值大于500）的miR-224進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證，結(jié)果與芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果相一致。結(jié)論 miR-224可能通過調(diào)節(jié)其靶基因而在結(jié)直腸癌肝臟轉(zhuǎn)移中起重要作用，miR-224可能成為未來結(jié)直腸癌生物標(biāo)記或治療方法的一個(gè)研究方向。
目的 探討結(jié)直腸癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移患者免疫基因表達(dá)的變化趨勢(shì)。方法 從16例結(jié)直腸癌患者的原發(fā)癌腫瘤組織中提取mRNA，采用基因芯片技術(shù)檢測(cè)8例有肝臟轉(zhuǎn)移和無肝臟轉(zhuǎn)移的結(jié)直腸癌患者的免疫基因表達(dá)。結(jié)果 與無肝臟轉(zhuǎn)移的結(jié)直腸癌患者相比，有肝臟轉(zhuǎn)移的結(jié)直腸癌患者的腫瘤組織中有11條免疫基因即羧基肽酶D、高親和力IgE Fc受體γ鏈、低親和力IgG FcⅢa受體、游離脂肪酸受體2、白細(xì)胞介素-2γ鏈、受體型蛋白酪氨酸磷酸酶C、補(bǔ)體B因子、人類白細(xì)胞抗原復(fù)合物（HLA）-DMA、HLA-DMB、HLA-DQA1和顆粒酶B均表達(dá)下調(diào)。涉及功能變化包括免疫細(xì)胞的生長激活、信號(hào)傳遞、腫瘤免疫原性、細(xì)胞因子、受體、補(bǔ)體、腫瘤細(xì)胞凋亡等方面。結(jié)論 在結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移患者中免疫基因的表達(dá)普遍下調(diào)，從多種途徑影響機(jī)體免疫功能的發(fā)揮，使癌細(xì)胞逃避機(jī)體免疫系統(tǒng)殺滅而在遠(yuǎn)處目標(biāo)臟器生長、繁殖。
目的 探討在低血清胰島素樣生長因子-1（IGF-1）水平與正常IGF-1水平的小鼠乳腺癌模型中應(yīng)用血管生長抑制劑人參皂甙（GS）Rg3后，IGF-1對(duì)血管生成的影響。方法 應(yīng)用7，12-二甲基苯蒽（DMBA）誘導(dǎo)肝臟特異性IGF-1基因敲除鼠（LID鼠）及對(duì)照鼠建立原發(fā)乳腺癌模型，應(yīng)用GS Rg3進(jìn)行干預(yù)治療，利用免疫組化法檢測(cè)乳腺癌組織中血管內(nèi)皮生長因子（VEGF）和Ⅷ因子相關(guān)抗原（F8-RAg）表達(dá)水平，同時(shí)利用基因芯片技術(shù)檢測(cè)小鼠乳腺癌及正常乳腺組織中相關(guān)基因的表達(dá)情況。結(jié)果 LID鼠乳腺癌的發(fā)生率低于對(duì)照鼠(P＜0.05)； LID鼠乳腺癌組織中VEGF表達(dá)水平與微血管密度均低于對(duì)照組(P＜0.05)。LID鼠乳腺癌組織中IGF-1、成纖維細(xì)胞生長因子(FGF)-1、肝細(xì)胞生長因子(HGF)和轉(zhuǎn)化生長因子(TGF)-β1基因較對(duì)照組上調(diào)，成纖維細(xì)胞生長因子受體(FGFR)-2、血小板源性生長因子(PDGF)-A和PDGF-B基因較對(duì)照組下調(diào)； 應(yīng)用GS Rg3后，LID鼠乳腺癌組織中VEGFa、表皮生長因子(EGF)、表皮生長因子受體(EGFR)、PDGF-A和FGFR-2基因較對(duì)照組上調(diào)，而IGF-1和TGF-β1基因較對(duì)照組下調(diào)。結(jié)論 IGF-1促進(jìn)小鼠乳腺癌的發(fā)生、發(fā)展，且與血管生長密切相關(guān)。血管生長抑制劑可能通過IGF-1及TGF-β1發(fā)揮抗腫瘤作用。